ماتراتزي در سال 1973 و در شهر لچه در جنوب ايتاليا به دنيا آمد. پدرش جوزپه در آن زمان يك فوتباليست حرفهاي بود و بعدها به عنوان مربي جوانان مشغول به كار شد. ماركو نيز فوتبال خود در سطح جوانان را با بازي در تيم توردي كينتو واقع در حومه رم آغاز كرد و اين در شرايطي بود كه پدرش نيز در تيم لاتزيو مربيگري ميكرد.
در فصل 1993-1994 ماتراتزي كوچك سرانجام از سايه پدر خارج شد تا در ليگ منطقهاي بازي براي تيمهاي سيسيلي مارسالاو تراپاني را تجربه كند. پروجا كه در آن زمان در دسته دوم حضور داشت ماركو را در سال 1995 به خدمت گرفت و وي سه فصل بعد را در اين تيم اومبريايي سپري كرد.
ماتهراتزي در فصل 1995-1996 كه طي آن پروجا توانست به سري A صعود كند تنها يك بازي براي اين تيم انجام داد و فصل بعد نيز عليرغم نمايش فوقالعادهاش مقابل اينتر، براي مدت كوتاهي به تيم كارپي در سري C قرض داده شد به همين دليل وي نتوانست مانع از سقوط پروجا شود و اين تيم خيلي سريع به رقابتهاي سري B بازگشت. ماتهراتزي در فصل بعد به يكي از بازيكنان ثابت پروجا تبديل شد و بازيهاي درخشاني براي اين تيم انجام داد. در شرايطي كه فصل 1997-1998 رو به پايان بود باشگاه درخواست ماتهراتزي در مورد امضاي يك قرارداد جديد را نپذيرفت و وي مجبور شد با پيوستن به تيم اورتون در ليگ برتر ريسك بزرگي را قبول كند.
بازيكنان تازهوارد مشكلات زيادي در جهت خو گرفتن با زبان، آب و هواو نوع فوتبال انگليسي دارند و ماتراتزي نيز تفاوتي با سايرين نداشت. وي ميگويد: هنگامي كه براي اولينبار شهر ليورپول را ديدم واقعاً شوكه شده بودم و بغض گلويم را گرفته بود. ليورپول با آن هواي ابري و آسمان خاكسترياش هيچ شباهتي به شهر زنده رم نداشت ولي با خودم گفتم براي گردش و تفريح به انگليس نيامدهام پس از آن وقتي قرارداد پنج سالهام را با اورتون امضا كردم تازه فهميدم كه پذيرفتن مسوِوليت بهعنوان يك فوتباليست حرفهاي چه معنايي دارد.
با اين حال، حس مسوِوليت چندان خود را در رفتار ماتهراتزي در داخل زمين نشان نداد و وي در 28 مسابقه با پيراهن اورتون 3 كارت قرمز و 12 كارت زرد دريافت كرد. ماتهراتزي در آن زمان در بدترين شرايط ممكن به سر ميبرد و به همين جهت در پايان فصل از پروجا تقاضا كرد كه وي را پس از تنها يك سال دوباره به ايتاليا بازگرداند. پروجا هم با درخواست وي موافقت كرد، مبلغ قرارداد او را افزايش داد و حتي وي را به كاپيتاني تيم منصوب نمود. هواداران تيمهاي رقيب ماتهراتزي را يك مدافع پراشتباه و بدقواره ميدانستند ولي وي خيلي زود به قهرمان هواداران پروجا تبديل شد و با سختكوشي توانست پيراهن تيمملي ايتاليا را هم بر تن كند. وي در جريان پيروزي يك بر صفر مقابل آفريقايجنوبي در آوريل 2001 نخستين بازي ملي خود را براي آتزوريها انجام داد؛ با اين حال با حضور الساندرو نستا و فابيو كاناوارو در مركز خط دفاعي، حتي تصور راهيابي به تركيب اصلي براي ماتراتزي دشوار بود. وي ميگويد: ميدانستم كه دو مدافع بزرگ جلوتر از من قرار دارند و تا مدتها جايگاه خود در تيمملي را حفظ خواهند كرد ولي در فوتبال همه چيز ممكن است و دقيقاً همين مساله است كه شما را به آينده اميدوار ميسازد.
در تابستان سال 2001 ماتهراتزي به اينتر فروخته شد، رويدادي كه براي وي دو جامحذفي، دو سوپرجام و البته عنوان قهرماني سري A در فصل گذشته را به ارمغان آورد و ماتراتزي نيز طي اين مدت جايگاه خود به عنوان يكي از خشنترين مدافعان فوتبال ايتاليا را تثبيت كرده است. وي در جامجهاني فوتبال در مسابقه مقابل استراليا از زمين اخراج شد و در جريان ديدار دوستانه مقابل اسپورتينگ ليسبون يك بار ديگر با كارت قرمز داور جريمه گرديد تا پنجمين كارت قرمز خود طي پنج سال عضويت در اينتر را دريافت كند.
با اين وجود ماتراتزي ميگويد سبك بازي خود را تغيير نخواهد داد و اهميتي به انتقادهاي بازيكنان و هواداران تيمهاي رقيب نميدهد: هرجا كه ميروم به يك شكل از من استقبال ميكنند و ديگر توهينهاي آنها به خانوادهام براي من عادي شده، همه دايماً در مورد نژادپرستي در فوتبال ايتاليا صحبت ميكنند ولي به جرات ميتوانم بگويم كه من بيش از هر بازيكن ديگري مورد توهين واقع شدهام و در هر مسابقه هميشه يك دوربين حركات من را زيرنظر دارد. بله، فوتباليست خشني هستم و فوتبال را محكم بازي ميكنم ولي هيچگاه ناجوانمردانه رفتار نكردهام. مشكل اين است كه شهرت شما روي كساني كه بازيهاي شما را تعقيب ميكنند، تاثير ميگذارد و اين فشاري است كه من ميتوانم برابر آن مقاومت كنم.